国内微生物肥料的发展环境与国外相比有些差异，首先是中国的土地略有紧张，土壤得不到修养和恢复；其次是农民对于化肥的过分依赖，从上个世纪六七十年代开始，人们开始认知和使用氮、磷、钾，忽略了综合平衡施肥的重要性，致使土壤营养的失衡，生产能力下降，而微生物肥料起到营养调节、活化土壤的作用，可以说当前的国情决定了微生物肥料的前景广阔。

　　从2008年开始，我国开始制定一系列有利于微生物肥料发展的方针部署和政策法规，将生物产业和生物经济定位为一项战略方向，开始重视并提高了微生物肥料的地位，从政策上为行业的发展开辟道路。2009年3月，由发改委牵头制订《绿色农用生物产品高技术产业化专项》，将1亿的专项资金一次性下拨给国内的12个企业，无论从政策还是资金上都鼓舞了国内的微生物肥料产业和企业，截止目前我国已有上规模企业600余家，产品达到千余种，总产值超过125亿，形成了一批有代表性的骨干企业。

　　微生物肥料行业自20世纪发展至今已有60年的历史，全行业已经初步建立了标准体系和质检体系，产品质量状况得到逐步改善，应用效果得到农民的认可，虽然如此，微生物肥料行业和化肥行业相比仍然存在许多发展瓶颈。但是，现代生物技术产业正在进入大规模的产业化阶段，生物科技的重大突破孕育新的产业革命，微生物肥料业作为农业领域中的一个方面，同样面临着新的产业革命，面临着时代赋予的重大使命、挑战和机遇。