当前，如何理顺管理体制、提高竞争力、改善经营状况，解决大面积亏损的问题，是农村合作金融系统体制改革的焦点和难点。但是，要从根本上摆脱发展困境，除了继续坚持立足“三农”和因地制宜探寻发展之道外，还应着力破解以下两个方向的难题。   

　　首先，应尽快成立统领农村合作金融系统的全国性高层管理机构，起到农信社代言人的作用，制定适应农信社发展的政策法规，维护农信社的合法权益。只有在全国成立这样的管理机构，才能建立农信社全国性的、独立的结算体系，根除结算渠道不畅、资金流通梗塞这一瓶颈，才能进一步增强农信社的凝聚力；才能把目前农信社由于地区性差异形成的资金余缺在全国范围内顺利调配，化解个别农信社的支付风险，才能形成“中央银行的监督管理，农信社自身约束和行业自律管理，农信社风险自我补偿体系”三者相互配合协调的管理体制。  

　　其次，应多方合力，为农村信用社营造宽松的经营环境。应妥善解决财政拖欠农信社保值贴息问题，这部分资金如能及时到位，对扭转农信社亏损局面、化解风险将起到积极的作用；政府应尽快兑现对已归并到农信社的原城市信用社的损失承诺；对农信社的各种税收要给予一定程度的减免，对农村信用社投向“三农”的贷款实行财政利息贴补或减免营业税，利用税收优惠引导信贷支农；由于农信社在同国有商业银行竞争时总是处于劣势地位，可适度提高农信社的存、贷款利率，稳定其资金来源，增加其收益；实施不良资产剥离，借鉴商业银行剥离不良资产的做法，成立托管机构，减轻农村信用社的包袱，促使其轻装前进；尽快客观公正、实事求是地解决行社遗留资金纠纷问题；地方政府要高度重视农村信用社的工作，要把农信社的贷款回笼视为地方政府的财经工作任务来抓，切实帮助农信社盘活不良贷款。