1998年11月，国务院下发《国务院关于深化化肥流通体制改革的通知》(国发[1998]39号)。

    这份被称为“39号文件”的改革通知，在随后的20年里对化肥行业乃至整个农资行业发展产生了深远影响。在农资行业变革的20年里，从化肥生产企业到省级农资流通企业，再到基层经销商，都迎来各自不同的命运。

    “39号文件”其核心精神就是打破原有化肥统购统销的计划模式，打破“一主两辅”，“三驾马车”并驾齐驱，即打破以供销社为主渠道，以农业“三站”和化肥生产企业自销为辅助渠道的经营格局，形成以供销社农资系统、生产企业和农业“三站”三条渠道并行的农资流通新格局，实行市场配置资源。这次流通体制的改革，对于农资行业长期生活在计划经济温水中的人们来说，只有变革，没有退路。

    当时，作为农资行业第一份专业媒体，《中华合作时报·农资专刊》第一时间刊发，并洛阳纸贵。

    1998年7月，就在行业改革山雨欲来的当口，由《中华合作时报·农资专刊》召集的“化肥流通体制改革政策与发展研讨会” 在北京举行，会议现场气氛热烈。有人在会上呼吁：行业改革必须要走厂商联合的道路。

    1999年6月，湖北省公安县农资公司因资不抵债，宣布破产，成为中国农资行业第一家破产的县市级农资公司。这一事件成为农资行业破产悲剧的序幕，随后一些地市级农资公司，甚至省级农资公司先后在改革的洪流中退出大众视野。行业改革在漫天烽火中进入不破不立的转折时代。